原本預計二ＯＯ八年開館的故宮南部院區，因立法院通過延後審核預算，延至二Ｏ一Ｏ年開放。立委洪秀柱、李慶安等人又計劃連署減列南院故宮下年度預算五億元，此舉引發各界討論。
南院故宮選址於嘉義縣太保市，原本預計二ＯＯ八年完工，卻因為部分立委質疑工程進度緩慢，涉嫌貪瀆、利益輸送將預算凍結，延至二Ｏ一Ｏ年開放。立委洪秀柱助理叢可君表示，由於南院故宮興建案疑似涉嫌利益輸送等弊案，一切有待調查局釐清案情再做考量。
叢可君指出，位於台北的國立故宮博物院占地近十六公頃，在館內器材維修及古物的維護上已相當拮据。興建七十公頃南院故宮保守估計需六十億元的經費，而興建後維修經費又該從何處來，南院故宮興建案缺乏完整詳細的評估。
立委李慶安法案助理陳昌宏也說明，南院故宮在九十二到九十四年度預算執行率偏低，不到百分之十五，如此緩慢的工作進度，有待進一步釐清原因，因此主張凍結下年度五億元的預算。
針對部分立委質疑南院故宮工程進度拖延，南院故宮提出反駁，表示施工有按照進度進行，並無特別緩慢。故宮南部院區辦公室王先生指出，目前南院故宮主體建築還在規劃當中，由於有人工湖的設計，目前工程進行整地、設置排水設施，一切都依照進度進行，絕不像外界傳言進度緩慢，他進一步表示，由於預算遭凍結對於未來的工作進度勢必造成影響。
工程進度是否延遲一事雙方持不同看法，具體可看出的改變為興建渠道，及原本雜亂無章的土地已整頓妥當。附近居民表示確實有在施工，但進度的確稍嫌緩慢。居民劉先生表示，據他所觀察，故宮南院已完成灌溉渠道的改道，平常也有工程車進出，但相較於日前設置圍籬的大動作，目前進度似乎有減緩的趨勢。。
嘉義縣政府努力爭取許久，終於爭取到南院故宮落腳太保，卻因為人為因素造成完工的阻礙。無論是工程延遲造成預算被凍結，或是預算凍結後影響施工進度，民眾都是最大的受害者。居民陳思妤認為，泛藍立委凍結預算，造成南院故宮完工時辰延後，是居民不樂見的，民眾不希望南院故宮興建泛政治化，目前嘉義太保地區急需這種大型的公共建設提升文化帶動經濟發展
南院故宮定位為亞洲文化藝術館，經過一番激烈徵選後，由美國建築師Antoine Predock 獲選為南院故宮主體建築設計者。以坐落在東邊的玉山作為建築物的象徵，民眾不需購票也能穿越中庭路徑，享受院區景觀，讓南院故宮與民眾更親近。雖然有美好的設計理念，但能否如願完工開放也得看立委與南院故宮的角力之爭結果如何。
